Les boss se succèdent : Toto Riina (arrêté en 1993), Bernardo Provenzano (arrêté en 2006), Salvatore Lo Piccolo (arrêté en 2007), Matteo Messina Denaro (recherché depuis 1993). Les Corleonesi (habitants de Corleone), comme on les appelle (à cause du roman de Mario Puzo), ont mené la guerre aux grandes familles de Palerme, faisant plus de 1 000 morts dans les seules années 1982 et 1983.
À partir des années 1990, Bernardo Provenzano, avec l'arrestation de Totò Riina et Leoluca Bagarella, devient le chef de Cosa Nostra (il en était le bras droit). Il change radicalement la politique et le modus operandi dans les affaires de la mafia sicilienne ; les divisions mafieuses des zones d'influence en Sicile les plus riches cèdent leurs gains à celles moins rentables afin de contenter tout le monde (une sorte de statut social), en évitant d'inutiles guerres. Tout est contrôlé par un "boss" avec le charisme de Provenzano qui gère de façon impeccable l'organisation. La mafia maintenant n'est plus riche comme aux temps des grands trafics internationaux et c'est pourquoi elle est devenue en Sicile plus oppressive et capillaire. Le 11 avril 2006, après 43 années de cavale (depuis 1963), Provenzano est capturé dans une ferme à 2 km de Corleone.
Deux solutions s'offrent maintenant à Cosa Nostra. La première prévoit un passage de pouvoir, qui pourrait faire retourner au sommet de Cosa Nostra un Palermitain ou un Trapanais, avec l'élection d'un nouveau chef du niveau et de la capacité de Provenzano pour continuer la gestion de l'organisation ; on pense ainsi à Matteo Messina Denaro, 43 ans (recherché depuis 1993), boss de Trapani comme son père Francesco, ou bien Salvatore Lo Piccolo, chef indiscuté de Palerme recherché depuis 25 ans, par ailleurs arrêté le 5 novembre 2007. La seconde hypothèse serait une sorte de réorganisation de la mafia sur le modèle : pas de "chef suprême" mais chacun avec une capacité de gestion autonome, tire des profits de son territoire. Il a été observé que cela pourrait amener de nouvelles guerres mafieuses.
Il semblerait aujourd'hui que ce soit Matteo Messina Denaro qui tire les ficelles de Cosa Nostra.